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10xGenomics Chromium單細胞轉錄測序系統(tǒng)

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    • 一個系統(tǒng)，一套工作流程，強大的測序應用? 10xGenomics公司推出了最新的Chromium?系統(tǒng)。利用上千萬獨特的DNA序列標記的GEMs，Chromium?系統(tǒng)可揭示重要的基因組信息。 1、全功能儀器10xChromiumController具有可伸縮的托盤和觸屏界面，占用空間極小，不超過1平方英尺，卻能夠高效的將10萬到100萬次的移液步驟自動化，采用先進的微流控系統(tǒng)，高通量的對樣品進行分離并帶上序列標簽，最終達到高通量檢測的目的。10xChromiumController可以進行基因組的分析，同時可以進行單細胞水平的功能分析。 2、單細胞儀器10xChromiumSingleCellController具有可伸縮的托盤和觸屏界面，占用空間極小，不超過1平方英尺，卻能夠高效的將10萬到100萬次的移液步驟自動化，采用先進的微流控系統(tǒng)，高通量的對樣品進行分離并帶上序列標簽，達到高通量檢測的目的。10xChromiumSingleCellController只可以進行單細胞水平的功能分析。 產品優(yōu)勢： 提升組裝參數(shù)：結合該技術的組裝效果較單獨使用Illumina數(shù)據(jù)最高可提升十幾倍； 測序平臺通用性：應用該技術構建的文庫可與Illumina測序系統(tǒng)完美匹配； 分子片段長：分析可將短Reads組裝成長達50-100Kb的linked-reads； 單倍體分析：可實現(xiàn)染色體級別Phasing，獲得精確的單體型信息。 技術原理： 1.將樣本分配到100,000s到1000,000s微反應體系，每個微反應體系含有一種特定的DNA序列標記。 2.含有barcode信息的凝膠珠子首先與樣品和酶的混合物混合，然后與位于微流體“雙十字”連接中的油表面活性劑溶液結合。 3.GEMs (包含樣品、酶、凝膠珠子的混合物油滴）流到儲液器中并進行收集。凝膠珠子溶解釋放barcode序列，開始對樣本進行標記。將每個液滴中含有barcode信息的產物混合。然后構建標準測序文庫。 應用方向： 1.基因組組裝：利用GemCode平臺對長片段序列進行擴增引入barcode序列以及測序接頭引物，然后將序列打斷成適合測序大小的片段進行測序，通過barcode序列信息將多個Reads進行組裝，獲得跨度在30-100Kb的linked-reads信息，從而獲得大片段的遺傳信息。 優(yōu)勢： 通過該技術構建的文庫可與Illumina測序系統(tǒng)完美匹配，將短Reads組裝成長達100Kb的片段； 結合該技術后組裝效果較單獨使用Illumina數(shù)據(jù)最高可提升十幾倍； 精度高、成本低，操作難度小。 2.單細胞轉錄組測序：基于10x Genomics最新Chromium?系統(tǒng)利用油包水的微反應體系，通過序列標簽區(qū)別群體中的不同細胞，獲得單細胞水平的數(shù)字化基因表達譜，可實現(xiàn)數(shù)千甚至數(shù)萬個單細胞群體分析，解決常規(guī)scRNA-seq方法在通量或擴展性方面存在的不足，為單細胞研究開拓新的思路。 優(yōu)勢： 超高通量：單個樣本細胞檢測數(shù)最高可達1000-10000； 項目周期短：一天內即完成從細胞懸液到cDNA文庫構建所有的測序準備工作； 細胞捕獲效率高：單個細胞捕獲效率高達65%，可準確鑒別稀有細胞類型； 真正的單細胞測序：通過油滴-barcode-單細胞的對應關系，實現(xiàn)真正意義上的單細胞測序； 測序平臺兼容度廣：與Illumina各種型號的平臺高度兼容。

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