中科院廣州化學研究所分析測試中心每年為客戶提供多項藥品報批全項分析和結構確證分析，設備齊全，人員經驗豐富，藥物結構確證全部順利通過有關部門審定，是華南地區指定藥物化學結構確證分析單位。

主要進行的項目有原料藥、藥物中間體、新藥確證和結構分析鑒定（國內外已有標準品藥物或已有標準圖譜藥物）；食品保健品含量鑒定，化合物成分鑒定，生物蛋白樣品分析，氨基酸組成分析，蛋白序列分析等。

主要測試方法包括：紅外光譜分析；質譜分析；核磁共振分析；紫外光譜分析；X射線粉末衍射分析；元素分析；熱分析（DSC、TG）；旋光分析、化學分析和其它方法。