浮在太平洋上的美丽岛屿,“神海岛”。 自古以来长眠于海底的古代遗迹“海底宫殿”和300年前实际存在着的两个女海贼“安娜·波妮”和“玛丽·莉得”留下的财宝的传说流传着。 来到神海岛旅行的柯南一行,遇到了为找寻财宝而聚集起来的宝物猎人们。 带着可疑阴影的宝物猎人们。 那时,探索海底宫殿的一个猎人,被鲨鱼群袭击而死。 觉察到事件气味的柯南与灰原一起开始调查。 被柯南的推理联系起来的,寻宝者杀人事件和财宝传说。 最大的谜,“Jolly Roger ”里藏着的秘密到底是什么? 而最后的舞台,转移到了海底宫殿。